Согласно Приказа Федерального агентства по рыболовству от 25 ноября 2011 г. N 1166 "Об утверждении Методики исчисления размера вреда, причиненного водным биологическим ресурсам" расчет размера вреда, причиненного водным биоресурсам в результате нарушения законодательства в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов, а также в результате стихийных бедствий, аномальных природных явлений, аварийных ситуаций природного и техногенного характера, применяется в случаях гибели водных биоресурсов, уменьшения рыбопродуктивности (общей и/или промысловой) водного объекта, ухудшения условий обитания и воспроизводства водных биоресурсов в связи с полной или частичной утратой мест нереста и размножения, нагула, зимовки и путей их миграции в результате:
-осуществления с нарушением требований законодательства Российской Федерации хозяйственной и иной деятельности (эксплуатация, строительство, реконструкция, капитальный ремонт предприятий, сооружений и других объектов, забор воды из водных объектов рыбохозяйственного значения без принятия мер по предотвращению попадания водных биоресурсов в водозаборные устройства и сооружения, производство работ в водных объектах рыбохозяйственного значения, в водоохранных зонах водных объектов и их прибрежных защитных полосах, в рыбоохранных и рыбохозяйственных заповедных зонах с нарушением законодательства);
-загрязнения среды обитания водных биоресурсов вредными веществами (кислоты, щелочи, пестициды, агрохимикаты и другие химические вещества), отходами производства и потребления, углеводородным сырьем и его производными, сброса в водные объекты рыбохозяйственного значения и рыбоохранные зоны вредных веществ, предельно допустимые концентрации которых в водах водных объектов рыбохозяйственного значения не установлены.
В качестве исходных данных для расчета ущерба водным биоресурсам применяются следующие показатели:
-количество погибших икры, личинок, молоди, взрослых особей водных биоресурсов;
-средние размерно-весовые показатели взрослой особи, погибших водных биоресурсов;
-площадь негативного воздействия (мест нереста и размножения, зимовки, нагульных площадей, нарушение путей миграции);
-гидрохимические и гидрологические характеристики водного объекта до и после негативного воздействия;
-количественный и качественный состав водных биоресурсов до и после негативного воздействия;
-коэффициенты промыслового возврата от икры, личинок, молоди, погибших водных биоресурсов;
-кормовые коэффициенты планктонных и бентосных организмов;
-рыбопродуктивность водного объекта или его отдельного участка (общая и/или промысловая по видам водных биоресурсов);
-доля самок в популяции, их средняя плодовитость, кратность нереста рыб или щенки млекопитающих за половозрелый период жизни;
-стоимость продукции, изготавливаемой из одного килограмма сырья водных биоресурсов или одного экземпляра млекопитающего;
-затраты на восстановление нарушенного состояния водных биоресурсов и среды их обитания.
 Источниками получения исходных данных, используемых в расчетах ущерба являются результаты обследований, исследований, лабораторных анализов и экспертиз, проводимых в рамках административных расследований фактов гибели водных биоресурсов и загрязнения среды их обитания, государственного мониторинга водных биоресурсов, производственного экологического контроля, научные данные подведомственных научно-исследовательских организаций и федеральных государственных бюджетных учреждений (бассейновых управлений) по организации рыболовства и сохранению водных биоресурсов Росрыболовства, а также таблицы 1 и 5 приложения к Методике.