Северо-Восточное ТУ Росрыболовства создано 9 марта 2007 года. В состав Управления входило 10 отделов, среди которых: отдел государственного учёта водных биоресурсов и взаимодействия с пользователями водными биоресурсами; отдел учёта использования рыбопромысловых участков и категории водных объектов; отдел искусственного воспроизводства и восстановления водных биоресурсов и среды их обитания; отдел международного сотрудничества и рыбопромыслового флота; отдел государственного мониторинга состояния водных биоресурсов; Чукотский территориальный отдел.
В сентябре 2007 году утверждена новая структура федеральных органов исполнительной власти, в которую вошел Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству (Указ Президента от 24 сентября 2007 года № 1274 «Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти»). Положение о комитете утверждено Постановлением Правительства РФ от 1 ноября 2007 г. № 733. Среди прочего Госкомитету по рыболовству переданы функции по контролю и надзору в сфере охраны, воспроизводства и использования водных биологических ресурсов, функции по выдаче разрешений на добычу (вылов) водных биоресурсов, ранее осуществлявшиеся другим федеральным органом.
28 февраля 2008 года Северо-Восточное ТУ Росрыболовства было преобразовано в Северо-Восточное территориальное управление Государственного комитета Российской Федерации по рыболовству, которое осуществляло полномочия в закреплённой сфере деятельности и формировалось по бассейновому принципу на территории Камчатского края и Чукотского автономного округа.
14 января 2009 года Северо-Восточное территориальное управление Государственного комитета Российской Федерации реорганизовано путём преобразования в Северо-Восточное ТУ Росрыболовства. Управление создано для осуществления функций по контролю и надзору за водными биологическими ресурсами и средой их обитания во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного рыбоводства), рыбопереработки, обеспечения безопасности мореплавания и аварийно-спасательных работ в районах промысла, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота и в морских портах в части, касающейся обслуживания судов рыбопромыслового флота.
